Е.К.Шеффер родился 6 июля 1942 г., окончил Физический факультет МГУ в 1965 г. и в 1971 г. защитил кандидатскую диссертацию по внеатмосферным астрономическим исследованиям. С 1964 г. Е.К.Шеффер работал в ГАИШ в области внеатмосферной астрономии: вначале в должности старшего лаборанта, с февраля 1965 г. — младшего научного сотрудника, а с 1975 г. — старшего научного сотрудника.
Евгений Карлович принимал активное участие в проведении рентгеновских и ультрафиолетовых наблюдений с борта «Высотного космического зонда» и космических аппаратов «Космос-215», «Космос-335», обсерватории «АСТРОН» и некоторых других. Он выполнил ряд важных работ по исследованию рентгеновских двойных систем, в том числе, Геркулес X-1. Эти работы хорошо известны мировой астрономической общественности и активно цитируются.
С 1 сентября 1990 г. Е.К.Шеффер — и.о. заместителя директора ГАИШ, а с 1 ноября 1990 г. — заместитель директора ГАИШ. 1990-е годы были самыми тяжелыми для российской науки и Евгений Карлович целиком отдавал себя напряженной работе по организации функционирования наблюдательных баз ГАИШ в Крыму, Узбекистане и Казахстане. Ему пришлось испытать горестные ощущения от потери наших обсерваторий в Алма-Ате и на Майданаке в связи с распадом СССР.
С 2005 г. Е.К.Шеффер активно участвовал в работах по созданию новой высокогорной обсерватории вблизи г.Кисловодска на российской территории — КГО ГАИШ МГУ. В этой работе он как заместитель директора проявил много настойчивости, терпения и мудрости. Сейчас строительство КГО ГАИШ МГУ идет полным ходом и скоро там будет установлен 2.5-метровый телескоп, что откроет для ГАИШ новые перспективы. И в этом большая заслуга Евгения Карловича.
Всю свою жизнь Евгений Карлович посвятил благородной цели служения любимой науке — астрономии и внес важный вклад в развитие нашего института. Медаль ордена «За заслуги перед Отечеством IV степени — заслуженная награда за его деятельность.
Мы, коллеги и друзья Евгения Карловича, всегда будем помнить этого исключительно честного, порядочного и творческого человека. Светлая ему память и наши самые искренние соболезнования родственникам …